「한국사학진흥재단법」 개정으로 사학진흥기금에 귀속되는 학교법인 청산 후 잔여재산이 「상속세및증여세법」 제48조의 ‘공익법인등이 출연받은 재산’ 에 해당하는지 여부

｢사립학교법｣제35조 및 ｢한국사학진흥재단법｣제17조 개정으로 법 개정 전 국고에 귀속되던 학교법인의 잔여재산이 법 개정 후부터 사학진흥기금에 귀속되게 된 경우 그 잔여재산은 제48조에서 규정하는 ‘공익법인이 출연받은 재산’ 에 해당하지 아니함

○ 한국사학진흥재단(이하 ‘질의법인’)은 ’92. 6. 舊한국사학진흥재단법제17조(이하 ‘쟁점규정’)에 따라 설립된 교육부 산하 기타공공기관으로 법률 제4103호,1989.03.31. 제정

• 사립학교와 이를 설치·경영하는 학교법인을 지원하기 위하여 기금의 조성 및 관리, 사학기관의 교육시설의 개·보수 및 확충의 지원, 관리위탁된 사학기관의 재산관리 등 사업을 수행(한국사학진흥재단법§6)

○ 2021.8.10. 사립학교법개정으로 다음과 같이 학교법인 해산시 국고로 귀속되던 잔여재산이 사학진흥기금의 청산지원계정으로 귀속되게 되었고,

개정전 사립학교법

[법률 제17659호,2020.12.22.]

개정후 사립학교법

[법률 제18372호,2021.08.10.]

제35조 【잔여재산의 귀속】

④ 제2항 및 제3항에 따라 처분되지 아니한 재산 중 대학교육기관을 설치·경영하는 학교법인의 재산은 국고에 귀속되고, 제4조제1항제1호에 따른 학교를 설치·경영하는 학교법인의 재산은 해당 지방자치단체에 귀속된다.

제35조 【잔여재산의 귀속】

④ 제2항 및 제3항에 따라 처분되지 아니한 재산 중 대학교육기관을 설치ㆍ경영하는 학교법인의 재산은 한국사학진흥재단법제17조제2항에 따른 사학진흥기금의 청산지원계정 (이하 "청산지원계정"이라 한다)에 귀속되고, 제4조제1항제1호에 따른 학교를 설치ㆍ경영하는 학교법인의 재산은 해당 지방자치단체에 귀속된다.

○ 2021.8.10. 다음과 같이 쟁점규정이 개정되어 기존의 사학지원계정 이외에 청산지원계정 조성의 법적근거가 마련되었으며,

개정전 쟁점규정

개정후 쟁점규정

제17조 【사학진흥기금의 설치】

재단의 사업 수행에 필요한 자금에 충당하기 위하여 재단에 사학진흥기금(이하 "기금"이라 한다)을 설치한다.

제17조 【사학진흥기금의 설치】

① 재단의 사업 수행에 필요한 자금에 충당하기 위하여 재단에 사학진흥기금(이하 "기금"이라 한다)을 설치한다.

② 기금은 사학지원계정 및 청산지원 계정으로 구분한다.

• 청산지원계정의 조성 재원 역시 다음과 같이 규정됨(한국사학진흥재단법§18②)

제18조 【기금의 조성】

② 청산지원계정은 다음 각 호의 재원으로 조성한다. <신설 2021.8.10>

1. 정부의 출연금

2. 사립학교법제35조제4항에 따른 잔여재산

3. 다른 기금으로부터의 전입금

4. 제26조에 따른 차입금

5. 법인ㆍ단체 또는 개인의 기부금

6. 기금을 운용하여 생긴 자금 및 수익금

○2025. 10. 15. 다음과 같이 학교법인 잔여재산이 사학진흥기금 청산지원계정으로 귀속됨

예금주(은행)

입금일자

입금금액

비고

사학진흥기금(○○은행)

2025.10.15. (수)

551,892,373

○○학원 잔여재산 귀속

2. 질의요지

○｢사립학교법｣제35조 및 ｢한국사학진흥재단법｣제17조 개정으로 법 개정 전 국고에 귀속되던 학교법인의 잔여재산이 법 개정 후부터 사학진흥기금에 귀속되게 된 경우 그 잔여재산이 증여세 과세대상에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

○ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

1.~3. <생략>

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터제4호까지,제6호및제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호및제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

2. <생략>

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

4.~8. <생략>

③ ~⑭ <생략>

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

① <생략>

② 법 제48조제2항제1호ㆍ제7호 및 같은 조 제11항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.

1.~2. <생략>

③ ~⑦ <생략>

⑧ 법 제48조제2항제8호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 공익법인등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 국가ㆍ지방자치단체 또는 해당 공익법인등과 동일하거나 주무부장관이 유사한 것으로 인정하는 공익법인등에 귀속시키지 아니한 때

2. 직접 공익목적사업에 사용하는 것이 사회적 지위ㆍ직업ㆍ근무처 및 출생지 등에 의하여 일부에게만 혜택을 제공하는 것인 때. 다만, 주무부장관이 기획재정부장관과 협의(행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정제3조제1항에 따라 공익법인 등의 설립허가등에 관한 권한이 위임된 경우에는 해당 권한을 위임받은 기관과 해당 공익법인등의 관할세무서장의 협의를 말한다)하여 따로 수혜자의 범위를 정하여 이를 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조건으로 한 경우를 제외한다.

• 가. 해당 공익법인등의 설립허가의 조건으로 붙인 경우

• 나. 정관상의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 또는 정관상의 목적사업에 새로운 사업을 추가하기 위하여 재산을 추가출연함에 따라 정관의 변경허가를 받는 경우로서 그 변경허가조건으로 붙인 경우

⑨ ~㉒ <생략>

○ 사립학교법 제35조 【잔여재산의 귀속】→ 법률 제18372호,2021.08.10.. 개정 전

① ~③ <생략>

④ 제2항 및 제3항에 따라 처분되지 아니한 재산 중 대학교육기관을 설치ㆍ경영하는 학교법인의 재산은 국고에 귀속되고, 제4조제1항제1호에 따른 학교를 설치ㆍ경영하는 학교법인의 재산은 해당 지방자치단체에 귀속된다.

⑤ ~⑥ <생략>

○ 사립학교법 제35조 【잔여재산의 귀속】→ 법률 제18372호,2021.08.10. 개정 후

① ~③ <생략>

④ 제2항 및 제3항에 따라 처분되지 아니한 재산 중 대학교육기관을 설치ㆍ경영하는 학교법인의 재산은 한국사학진흥재단법제17조제2항에 따른 사학진흥기금의 청산지원계정(이하 "청산지원계정”이라 한다)에 귀속되고, 제4조제1항제1호에 따른 학교를 설치ㆍ경영하는 학교법인의 재산은 해당 지방자치단체에 귀속된다.

⑤ ~⑥ <생략>

○ 한국사학진흥재단법 제17조【사학진흥기금의 설치】→ 법률 제18373호, 2021.08.10. 개정 후

① 재단의 사업 수행에 필요한 자금에 충당하기 위하여 재단에 사학진흥기금 (이하 "기금"이라 한다)을 설치한다.

② 기금은 사학지원계정 및 청산지원 계정으로 구분한다.

○ 한국사학진흥재단법 제17조【사학진흥기금의 설치】→ 법률 제18373호, 2021.08.10. 개정 전

재단의 사업 수행에 필요한 자금에 충당하기 위하여 재단에 사학진흥기금 (이하 "기금"이라 한다)을 설치한다.

○ 한국사학진흥재단법 제18조 【기금의 조성】

① 사학지원계정은 다음 각 호의 재원으로 조성한다.

1. 정부의 출연금

2. 다른 기금으로부터의 전입금

3. 제26조에 따른 차입금

4. 법인ㆍ단체 또는 개인의 기부금

5. 제27조에 따라 채권을 발행하여 생긴 자금

6. 기금을 운용하여 생긴 자금 및 수익금

② 청산지원계정은 다음 각 호의 재원으로 조성한다.

1. 정부의 출연금

2. ｢사립학교법｣제35조제4항에 따른 잔여재산

3. 다른 기금으로부터의 전입금

4. 제26조에 따른 차입금

5. 법인ㆍ단체 또는 개인의 기부금

6. 기금을 운용하여 생긴 자금 및 수익금

③ 정부는 제1항제1호 및 제2항제1호의 출연금으로 1989년 3월 31일부터 매년 일정 금액을 예산에 계상(計上)하여야 한다.

○ 국가재정법 제5조 【기금의 설치】

① 기금은 국가가 특정한 목적을 위하여 특정한 자금을 신축적으로 운용할 필요가 있을 때에 한정하여 법률로써 설치하되, 정부의 출연금 또는 법률에 따른 민간부담금을 재원으로 하는 기금은 별표 2에 규정된 법률에 의하지 아니하고는 이를 설치할 수 없다.

② 제1항의 규정에 따른 기금은 세입세출예산에 의하지 아니하고 운용할 수 있다.

○ 국가재정법 【별표 2】기금설치 근거법률(제5조제1항 관련)

57. 한국사학진흥재단법

(이외 생략)

○ 국가재정법 제9조 【재정정보의 공표】

① ~ ③ (생략)

④ 각 중앙관서의 장은 해당 중앙관서의 세입ㆍ세출예산 운용상황을, 각 법률에 따라 기금을 관리ㆍ운용하는 자(기금의 관리 또는 운용 업무를 위탁받은 자는 제외하며, 이하 "기금관리주체"라 한다)는 해당 기금의 운용상황을 인터넷 홈페이지에 공개하여야 한다.

⑤ ~ ⑥ (생략)

○ 한국사학진흥재단법 제20조 【기금의 운용ㆍ관리】

① 기금은 재단이 운용ㆍ관리한다.

② 기금의 운용ㆍ관리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 한국사학진흥재단법 시행령 제3조【사학진흥기금의 운용ㆍ관리】

① 재단은 매년 법 제18조에 따라 조성된 사학진흥기금(이하 "사학진흥기금"이라 한다)의 자금수급계획을 수립하고, 사학진흥기금을 다음 각 호의 방법으로 운용ㆍ관리해야 한다.

1. 금융기관(체신관서를 포함한다)에의 예치

2. 국가ㆍ지방자치단체 또는 금융기관이 직접 발행하거나 채무이행을 보증하는 증권의 매입

3. 증권시장에 상장된 증권의 매입

② 재단은 사학진흥기금을 다른 경비와 별도의 계정을 설정하여 관리해야 한다.

③ 재단은 사학진흥기금의 원본(元本)을 감소하려는 경우에는 교육부장관의 승인을 받아야 한다.

④ 재단은 교육부장관의 승인을 받아 사학진흥기금의 운용으로 발생하는 수익금의 일부를 사학진흥기금의 운용ㆍ관리 경비로 사용할 수 있다.

⑤ 재단은 연도별 기금수급계획에 따른 사학진흥기금의 융자 및 환수계획을 수립ㆍ시행해야 한다.

○ 법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

• 가. 소득세법제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

• 나. 소득세법제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세 가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

• 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② ~④ <생략>

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가 국세기본법제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적 사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① ~⑤ <생략>

⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 국세기본법제13조에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제3조제1항 제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

3.~10. <생략>

○ 새마을금고법 제84조 【새마을금고복지회 설치 등】→ 법률 제20648호, 2025.01.07. 일부개정

① 중앙회는 금고 및 중앙회 임직원(퇴직한 임직원을 포함한다)에 대한 효율적인 공제제도를 확립하고 이들의 생활안정과 복지증진을 위하여 새마을금고복지회(이하 "복지회"라 한다)를 설치ㆍ운영한다.

② 복지회는 법인으로 한다.

③ 복지회는 정관으로 정하는 바에 따라 결산기마다 공제사업이 종류별로 장래에 지급할 급여에 충당하기 위하여 준비금을 계상(計上)하고, 이를 별도로 적립하여 회계 처리하여야 한다.

④ 복지회의 설치ㆍ운영 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 새마을금고법 시행령 제58조【새마을금고복지회의 운영 등】→ 시행령 제35599호, 2025.06.25. 일부개정

① 법 제84조제1항에 따른 새마을금고복지회(이하 "복지회"라 한다)는 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 복지회 회원에 대한 급여의 지급

2. 복지회 회원을 위한 복지후생사업

3. 기금 조성을 위한 사업

4. 제1호부터 제3호까지의 사업에 부대되는 사업으로서 정관에서 정하는 사업

② 복지회는 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 범위에서 수익사업을 할 수 있다.

③ 복지회는 목적을 달성하기 위하여 필요하면 그 정관으로 정하는 바에 따라 복지회 회원으로 하여금 일정 금액을 납입하게 할 수 있다.

④ 중앙회는 복지회에 출연 및 지원을 할 수 있으며, 중앙회사업의 일부를 위탁하여 시행하게 할 수 있다.

○ 새마을금고법 제84조 【복지기구 설치 등】→ 법률 제20648호, 2025.01.07. 일부개정 전

① 중앙회는 금고 및 중앙회 임직원의 생활안정과 복지증진을 위하여 별도의 기구를 설치·운영할 수 있다.

② 제1항의 기구 설치·운영 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 새마을금고법 시행령 제58조【복지기구】→ 시행령 제35599호, 2025.06.25. 일부개정 전

① 법 제84조제1항에 따라 중앙회는 금고 및 중앙회의 임직원(퇴직한 임직원을 포함한다)과 그 가족에게 적절한 급여를 지급함으로써 그들의 생활안정과 복지증진에 이바지함을 목적으로 하는 복지기구를 설치할 수 있다. <개정 2011.9.9>

② 제1항에 따른 복지기구(이하 "복지기구"라 한다)는 목적을 달성하기 위하여 필요하면 그 정관으로 정하는 바에 따라 구성원들로 하여금 일정 금액을 납입하게 할 수 있다.

③ 중앙회는 복지기구에 출연 및 지원을 할 수 있으며, 중앙회사업의 일부를 위탁하여 시행하게 할 수 있다. <개정 2011.9.9>

④ 복지기구는 법인으로 할 수 있으며, 법인으로 설립하려는 때에는 행정안전부장관의 인가를 받아야 한다. <개정 2008.2.29>